一、进化论的由来与发展
1.起源
一八五九年，达尔文出版了他最著名的著作《物种起源》（The Origin of Species by Means of Natural Selection），这是整个人类历史上一个里程碑，甚至达尔文也不曾想象得到这一本书对人类所产生的影响有何等的深远，它不仅影响了生物学的发展，更重要的是它影响了人类社会的各个层面，科学、社会、宗教、文化、教育、法律……
在《物种起源》这本书里，达尔文主要记述了他在 Galapagos 群岛的观察研究。该群岛位于赤道附近的太平洋上，属于南美洲的厄瓜多尔。一八三五年，达尔文随猎犬号（HMS Beagle）船，第一次来到这里。猎犬号船的本来目的是发现和测验海岸地图，并寻找有商业价值的矿物。但几年的考察使热爱自然的达尔文有幸看到未遭破坏的自然界：原始热带雨林，各种地层，火山，各种各样的昆虫、鸟类和哺乳动物，每种生物与它们所处的环境完美地契合。特别是达尔文观察到一些鸟类（Darwin’s finches）的生物性状随环境改变而改变，比如鸟嘴的形状受食物的影响 。
2.证据陈述
a)胚胎重演论
大多数高中生物学课本中都有一张胚胎发育图，显示鱼、蝾螈、乌龟、鸡、猪、牛、兔、人等动物在胚胎发育不同阶段的侧面图，其原版收藏在伦敦大学的Bodleian图书馆，它的作者是十九世纪德国Jena大学的生物学教授海克尔（Ernst Haeckel）。从这张图得出的结论是，虽然这些动物成年后形态各不相同，但是由于它们是由共同的祖先进化而来，所以在胚胎发育过程中均有一个形态相似的阶段，这就是“胚胎重演论”（Ontogeny recaptulates phylogeny）。
b)用进废退
长颈鹿是惹人喜爱的动物。但是，一个生物学家却会思考，为什么长颈鹿的颈部那么长，而且它与身体不成比例。根据化石证据，相对现代的长颈鹿首先出现在一百万年前的非洲草原，据信它的祖先是生活在二、三千万年前的一种矮鹿，由于环境的改变，它们赖以生存的地上的草和矮小的灌木丛减少，这些矮鹿不得不伸长颈部，吃高处的树叶，它们的颈部得到锻炼，颈部比较长的鹿在生存竞争中占据优势，而且这个后天获得的生物性状遗传给了子代动物，经过千万年漫长而缓慢的变化，矮鹿就进化成了今天的长颈鹿。这个理论叫做“用进废退”（The Principle of Use and Disuse）。是由法国人拉马克（Jean Baptiste Pierre Antoine de Monet de Lamarck，1744－1829）提出来的，虽然有许多证据并不支持这个理论，但是当年这个理论启发并帮助了达尔文。
3.结论
大约四十五亿年前，地球形成。在假想的原始宇宙环境里，地球上布满火山、雷电、宇宙射线等等。一些基本的分子、原子，渐渐变化，从简单到复杂，由无机物变成有机物，由有机物演化出蛋白质、核酸、脂类物质等等，最终产生生命。
后来，单细胞生物逐渐进化到多细胞生物，生物又从低级到高级，依此从鱼类、到两栖类、到爬虫类、到哺乳类、到猿猴类，最后进化到人类。在这一过程中，生物体不断发生变异（或者突变），那些在生存竞争中具有优势的突变体，就被自然界选择出来，经过漫长的岁月，反复的突变、选择，终于产生了人。
二、进化论的难处
1.适应环境并不是进化
“物竞天择，适者生存”是达尔文进化论的中心。然而，经过环境选择作用的适者并没有产生真正的进化。我们在自然界所观察到的，乃是生物对所处的环境，具有高度的适应性。自然淘汰的结果，不过是保存了生物的适应性而已。就如Morris and Parker在他们的著作中所说的：“天择并没有带来连续的改良，如进化论所述，它不过保持生物体原有的特色罢了。”
2.广进化论是未被证实的假说
达尔文“适者生存”的理论，在一定范围内解释生物对环境的改变所发生的变化。然而，他把“生物的适应”与“进化”联在一起，把种内有限的变异，无限推广到跨种间生物的变异，而提出的“广进化论”或“自然进化论”则是没有任何事实根据的假说。
3.进化假说无法用科学方法证实
在科学上，假说经过大量事实证明之后方能上升为科学理论。在大量事实中，若有任何一项事实与假说推论的结果不符，则假说就不成立。“广进化论”或“自然进化论”是一个假说。而这一假说则是不能用科学实验来加以证明的。为什么呢？因为进化论若要以实验证明，需要数以万计的动物和植物，经过数万年的观察。因为在进化的假说中，漫长的时间，大量的生物，自然环境的选择等，都是不可或缺的因素。这些实验所需要的状况可以说都是不可能的。时间之所以漫长是因为达尔文主张生物的进化是逐步变异（fluctuating variations），并非突然的改变，而是缓慢、经年累月而形成的，其时间可能是数万年、甚或数百、数千万年。
4.突变的速度问题
进化论在科学上还有其它许多问题，比方说，突变的速度问题，一些复杂结构的进化究竟是微小变化的累积，即所谓微突变，还是突然发生的本质性的变化，即所谓系统大突变。达尔文最头疼的是眼睛的进化，因为眼睛的功能，也就是视觉，需要多种细胞、组织的协调作用，所以视觉的出现需要这些细胞和组织的同步协调进化，因为5%的眼睛结构产生的视力不是5%，而是零，在生存和选择上没有太大价值。所以，当年赫胥黎就此问题警告过达尔文。但是，如果承认系统大突变，就无异于承认创造。后来出现的间变平衡论就是为了解决有关突变速度的难题。
5.缺乏中间体化石
另一个难题是化石的问题。按照自然进化假说推测，化石中应该有大量的中间类型，以显示当年进化的痕迹。而且，物种应该从少量开始，随着突变的发生，物种越来越丰富，又借着自然选择，物种又越来越少。然而，事实却恰恰相反。化石中存在大量的缺环，而且生物种表现停滞不变，突然同时出现，或突然消灭。
一九九五年七月十九日人民日报海外版所报道的云南省澄江县帽天山的寒武纪化石爆炸，显示大约六亿年前，现今世界各动物门同时出现，地球的生命存在形式突然出现了从单样性到多样性的飞跃。二〇〇二年云南大学云南澄江生物群研究中心候先光又发现新的远古鱼化石，据此指出“这块化石是寒武纪生物大爆发的全新证据，它进一步证明，脊椎动物的祖先诞生在5.3亿年前的生命大爆发中，这一发现向达尔文的生物进化论提出了新的挑战。”
当年达尔文也意识到这个问题，他在《物种起源》中写到，“我不愿意假装不知道物种突变的记录是何等的贫乏，在保存最好的地层中也找不到大量的过渡生物来连接每一地层前后所出现的生物。这是我的理论最大的困难。”他很无奈，甚至有点绝望，他说“自然界好象故意隐藏证据，不让我们多发现过渡性的中间型。”历史上，为了中间型化石，曾经出过许多科学上的丑闻，比如，为了证明所谓猿人的存在，有人用一个猪的骨头，装上几颗牙，来欺世盗名。
6.逻辑上的同义反复（Tautology）
从逻辑的角度看，进化论有两个命题：1、一个群体中最能适应的个体留最多的子孙，不能适应的都被淘汰掉了；2、生产后代最多的生物最能适应，谁的生存能力大谁在竞争中就有优势。但当你把两个命题合到一起的时候，你就会发现实际上这两个命题在讲同一件事情，即“在一个群体中，生产后代最多的生物，必定留下最多的子孙”。逻辑学上这叫同义反复（Tautology），这样的论证在逻辑上是没有价值的。
三、进化论尚需在哲学上的思辨
1.进化论是科学上的自然主义哲学
进化论有一个迷人的面纱，就是“科学”。什么是科学呢？一九八四年美国国家科学院发表一个小册子，专门讨论进化论和创造论的问题。它提到科学最基本的特征，就是有赖于自然主义的解释。自然是和超自然相对的，自然主义的另一个意思，就是没有超自然力量，或者说没有神。这就是现代科学上的自然主义哲学，它是所谓自然主义科学的指导原则。值得注意的是，它有一个隐藏的假设，就是没有神。因为有了这一个前题，所以赫胥黎在回答别人关于进化论的质疑时，很理直气壮地说，“除此之外，还有别的选择吗？”换句话说，就是“难道你还能提出比进化论更好的自然主义学说来解释人类的起源吗？”如果你不相信有神，进化论就是唯一可以解释人类起源的学说！自然主义科学所寻求的所谓“真理”就是没有神的“真理”，有神就没有自然主义科学！事实上，人类对人类来源的探索应该是自由的，求真乃是真正科学探索的根本，不管那真实的是来自自然或超自然。
2.进化论本质上是无神的哲学、无神的宗教
进化论不止留在科学研究的范围内，它甚至从形而下学（Physics）上升成为一种形而上学（Metaphysics）。形而下学就是自然的，形而上学就是超自然的，不是靠理论可以证明的，它成为一种无神的宗教，一种无法验证的信念。所以进化论者道金斯（Richard Dawkins）在论及进化论这样一个尚未证实的自然科学假说的时候，他的结论是：“如果你遇到一个人，说他不相信进化，可以绝对有把握地说，那个人一定无知、愚昧，或者极其愚蠢，甚至是邪恶，我宁愿不这么认为。其武断令人瞠目结舌。”
事实上，今天的进化论者一面在自然科学研究的范围内研究进化论，另一面又试图把进化论引入道德、社会、环境保护等人文范围，正如Michael Ruse所指出的：“确实存在着一个越来越兴旺的领域―通俗进化论，在这个领域里，进化被用作支持一些说法，比如宇宙的特性，宇宙对我们人类的意义，人类的行为规则……我是说，确实存在着这种通俗进化论，其实它只是（现有）宗教以外另一种（宗教）罢了。”
在他看来，自然进化论甚至有两个宗教教条：1、斯宾塞的自由主义社会经济哲学；2、他们敬拜的场所－自然历史博物馆。
3.进化论的社会基础
您也许会问，这样一个未经证实、漏洞百出的科学假设，一个逻辑上有问题的学说，脱离客观科学证明的无神宗教，为什么会这么受欢迎呢？要解答这个问题，我们要回到当时的历史背景来看。因为经过黑暗的中世纪，十九至二十世纪自然科学和人文科学的蓬勃发展，包括进化论在内，都是人们思想解放的一个表现，是对黑暗中世纪天主教宗教思想禁锢的一个反弹。更是适合了当时社会的需要，直接支持了当时英帝国主义的政治哲学，以及马尔萨斯的人口论，甚至于社会达尔文主义。
工业革命所产生出来的新兴无产阶级，更加欢迎进化论。达尔文的进化论，黑格尔的辩证法和细胞学，被认为是马克思主义形成的三大科学基础。马克思和恩格斯在《马克思、恩格斯论宗教》一书中，曾经清楚地说明进化论与信仰的关系：“现在我们以进化的概念来看宇宙，再也没有空间容纳一位创造者或统治者了。”马克思又说，“达尔文的著作非常重要，它从自然科学的角度支持了人类历史上的阶级斗争，完全符合我的观点。”恩格斯也说，“（进化论是）十九世纪三大科学发现之一……优越的无产阶级将赢得这场生存斗争。”
《西方宗教与文化演进》精彩继续，第七篇：宗教与科学骨肉相连